Ekonomistas, bankininkas, Lietuvos socialdemokratų partijos ir visuomenės veikėjas, buvęs Lietuvos socialinės apsaugos ir darbo ministras, Lietuvos banko vadovas Juozas Paknys gimė 1883 m. rugsėjo 23 d. Pakniškių viensėdyje prie Jūžintų, Rokiškio rajonas.
1904 m. baigė Mintaujos gimnaziją, joje dalyvavo slaptos Kūdikio draugijos veikloje. 1903 m. socialdemokratų jaunimo organizacijos – Lauko darbininkų, bežemių ir mažažemių draugijos organizatorius, jo iniciatyva Šiauliuose buvo sušaukta draugijos konferencija, joje J. Paknys išrinktas Vykdomojo komiteto nariu. Organizavo streikus Baisogalos grafo Komaro dvaruose.
1904 m. buvo įstojęs į kunigų seminariją, bet, prasidėjus revoliuciniams įvykiams, mokslus metė. 1905 m. – vienas organizacijos „Draugas“ steigėjų, nuo 1906 m. – Lietuvos socialdemokratų partijos narys.
1905 m. gruodžio 14 d. su trimis draugais nuginklavo Žeimių uriadniką, uždarė degtinės monopolį ir įvedė „naująją tvarką“. Grįždamas į Kauną, pateko į policijos rankas ir su draugais buvo pasodintas į kalėjimą. 1906 m. rugsėjo 26 d. Kauno apygardos teismas juos teisė kaip plėšikus, tačiau bylą perėmęs Vilniaus apygardos teismas 1906 m. spalio 16 d., kaip politinį veikėją, nuteisė metams tvirtovės kalėjimo. Į laisvę išėjo 1907 m. pabaigoje.
1908–1912 m. studijavo Petrapilio komercijos institute, dalyvavo lietuvių studentų draugijos veikloje, buvo jos kasininkas. Kartu 1910 m. žurnalo „Visuomenės“ leidėjas ir bendradarbis.
1912 m. apsigyvenęs Kaune, vedė I. Petravičiūtę, dirbo Komercijos banke. 1915 m. persikėlė į Vilnių, vėl įsijungė į LSDP ir visuomeninę veiklą. 1917 m. išrinktas LSDP CK nariu, administravo laikraštį „Darbo balsas“.
1917 m. rugsėjo 18 – 22 d. – Vilniaus konferencijos dalyvis. 1918 m. gruodžio 26 d. – 1919 m. kovo 12 d. – M. Sleževičiaus kabinete – LR maitinimo ir viešųjų darbų ministerijos laikinasis valdytojas, nuo 1919 m. balandžio 12 d. iki 1919 m. spalio 7 d. – LR darbo ir socialinės apsaugos ministras.
Artėjant bolševikams, persikėlė į Kauną. Nuo 1919 m. lapkričio mėn. Valstybės kontrolės steigėjas ir direktorius, vėliau Finansų, prekybos ir pramonės viceministras. 1922 m. Vlado Jurgučio pakviestas, įėjo į Lietuvos banko valdybą, kaip vienas geriausių bankininkų praktikų ir dirbo joje iki 1940 m.
Nuo 1926 m. 1939 m. – Lietuvos banko valdytojo pavaduotojas, faktiškai nuo 1929 m. (atsistatydinus Vl. Jurgučiui) LB valdytojas, nuo 1939 m. iki 1940 m. – oficialus valdytojas. Jo parašas buvo ant visų Lietuvos Respublikos banknotų. A. Smetonos valdžia jį toleravo tik kaip nepakeičiamą sveikos ir tęstinės finansų politikos vykdytoją: jam vadovaujant, litas tapo tvirčiausia valiuta Europoje.
Nerepresavo jo ir okupacinės valdžios. 1940 m. birželį Lietuvą užėmus sovietams, J. Paknys, lito stabilumo išlaikymo pretekstu nesutiko V. Dekanozovo reikalavimu, TSRS valstybiniam bankui perduoti kitose valstybėse saugotas Lietuvos banko aukso atsargas. 1940 m. rugsėjį atleistas iš pareigų. Nuo 1940 m. pabaigos iki 1941 m. jis buvo finansų vicekomisaras. Vokiečių okupacijos metais dirbo finansų patarėjo pavaduotoju, nuo 1941 m. rugsėjo – Lietuvos banko valdytoju.
1942 m. vokiečiams likvidavus Lietuvos banką, perėjo į pogrindinę rezistencinę veiklą, vadovavo komisijai karo nuostoliams apskaičiuoti, organizavo lėšų rinkimą Vyriausiajam Lietuvos išlaisvinimo komitetui. Dirbo šioje komisijoje ir po 1944 m., kai išvyko į Vokietiją.
1945 m. Viurcburge buvo išrinktas į Lietuvos reikalų komiteto valdybą, su ja persikėlė į Tiubingeną, dėstė universitete. 1946 m. išrinktas LSDP Užsienio delegatūros CK nariu.
Mirė 1948 m. sausio 3 d. Reutlingene, Vokietijoje.
Fotografija iš Lietuvos nacionalinio muziejaus.
Ketvirtasis ministrų kabinetas. Iš kairės, sėdi: Justinas Zubrickas, Juozas Paknys, Mykolas Sleževičius, Antanas Merkys, Steponas Kairys, Jonas Vileišis. Stovi, iš kairės: Aleksandras Stulginskis, Jokūbas Šernas, Voldemaras Vytautas Čarneckis, Ministrų kabineto reikalų vedėjas Tadas Petkevičius.
